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petsc_install

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petsc_install [2019/07/29 17:57] freitashpetsc_install [2023/03/22 18:05] (current) – [Configuração usada atualmente Release (sem debug)] admin
Line 1: Line 1:
 +Para instalar PETSc, bem como os demais principais aplicativos empregados em conjunto, segundo a configuração utilizada atualmente pelo grupo de pesquisa, vá mais adiante nesta página clicando aqui.
 +
 ===== Pré-Requisitos: ===== ===== Pré-Requisitos: =====
  
Line 4: Line 6:
  
 <code> <code>
-sudo apt install mpich valgrind python make bison flex -y+sudo apt install mpich valgrind python make cmake bison flex -y
 </code> </code>
 +
 +Obs: o //build //do PETSc foi criado em ///opt// para facilitar o compartilhamento com demais usuários.
 ===== Passos de Instalação: ===== ===== Passos de Instalação: =====
  
Line 14: Line 18:
  
 <code> <code>
-sudo ./configure --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --with-debugging=0 COPTFLAGS='-O3 -march=native -mtune=native' CXXOPTFLAGS='-O3 -march=native -mtune=native' FOPTFLAGS='-O3 -march=native -mtune=native' --download-mpich --download-cmake --download-metis --download-parmetis --download-mumps --download-scalapack --download-ptscotch --with-cxx-dialect=C++11 --download-fblaslapack=1+sudo ./configure --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --with-debugging=0 --with-X=1 COPTFLAGS='-O3 -march=native -mtune=native' CXXOPTFLAGS='-O3 -march=native -mtune=native' FOPTFLAGS='-O3 -march=native -mtune=native' --download-mpich --download-cmake --download-metis --download-parmetis --download-mumps --download-scalapack --download-ptscotch --with-cxx-dialect=C++11 --download-fblaslapack=1 --download-hdf5
 </code> </code>
  
 Tais opções são utilizadas de maneira padrão. Para demais opções [[https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/installation.html|clique aqui.]] Tais opções são utilizadas de maneira padrão. Para demais opções [[https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/installation.html|clique aqui.]]
  
-  * As instruções para os próximos passos aparecerão no próprio terminal à medida em que o pacote é instaladobasta copiar e colar código que aparece ao fim de cada comando, lembrando-se de adicionar os privilégios de root por meio do comando 'sudo';+  * O comando de //build //é fornecido ao final do //configure//assim como o comando de //test //é fornecido ao final do comando de //build//. Copie e execute.
   * Por fim, adicione os comandos:   * Por fim, adicione os comandos:
  
Line 29: Line 33:
  
 substituindo caminho_diretorio pelo endereço do diretório de instalação do PETSc no arquivo .bashrc, localizado na pasta raiz. substituindo caminho_diretorio pelo endereço do diretório de instalação do PETSc no arquivo .bashrc, localizado na pasta raiz.
 +
 +===== Configuração usada atualmente Release (sem debug)=====
 +== incluído no PETSc:  METIS + PARMETIS + mumps + FGLASLAPACK + hdf5 ==
 +== instalar antes do PETSc:  Valgrind e MPICH ==
 +
 +###1.  Install Valgrind ###
 +
 +###2.  Install MPICH ###
 +
 +PETSc uses MPICH to deal with parallelism, so you can decide either install the MPICH and give its path to PETSc or let PETSc download it during the configuration process. The first option is recommended because the path to the *mpiexec* becomes fixed and independent of the PETSc build configuration.
 +
 +You can download the file [mpich-3.4.2.tar.gz](https://github.com/pmodels/mpich/releases/tag/v3.4.2) and follow the instructions on [github](https://github.com/pmodels/mpich):
 +- Unpack the tar file and go to the top level directory:
 +```bash
 +tar xzf mpich-3.4.2.tar.gz
 +cd mpich-3.4.2
 +```
 +- Configure MPICH specifying the installation directory (could be either an empty directory or an non existent directory) and device:
 +```bash
 +./configure --prefix=/path/to/mpi/installation/directory --with-device=ch4:ofi 2>&1 | tee c.txt
 +```
 +- Build MPICH:
 +```bash
 +make 2>&1 | tee m.txt
 +```
 +- Install the MPICH commands:
 +```bash
 +make install 2>&1 | tee mi.txt
 +```
 +- Add the bin subdirectory of the installation directory to your PATH by adding the following line to the file ~/.bashrc:
 +```bash
 +export PATH="/path/to/mpi/installation/directory/bin:$PATH"
 +```
 +Check that everything is in order at this point by doing:
 +```bash
 +which mpicc
 +which mpicxx
 +which mpiexec
 +```
 +These commands should print the path to the bin subdirectory of the MPICH installation directory.
 +
 +
 +
 +
  
  
petsc_install.1564423048.txt.gz · Last modified: by freitash