Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- petsc_install [2017/04/04 11:19] – jeferson
+++ petsc_install [2023/03/22 18:05] (current) – [Configuração usada atualmente Release (sem debug)] admin
@@ Line 1: / Line 1: @@
-Para instalar o PETSc (Portable, Extensible, Toolkit for Scientific Computation), primeiramente faça o download da biblioteca clicando [[https://www.mcs.anl.gov/petsc/download/index.html|aqui]].
+Para instalar PETSc, bem como os demais principais aplicativos empregados em conjunto, segundo a configuração utilizada atualmente pelo grupo de pesquisa, vá mais adiante nesta página clicando aqui.
-Em seguida, siga os seguintes passos:
+===== Pré-Requisitos: =====
-- Crie um diretório para o armazenamento dos arquivos da biblioteca PETSc;
+Utilizando o Ubuntu server 18.04, abra o terminal instale os pacotes com a seguinte linha de comando:
- - Copie e descompacte o arquivo baixado anteriormente para o diretório criado;
+<code>
+sudo apt install mpich valgrind python make cmake bison flex -y
+</code>
-- Acesse a pasta pelo terminal e digite o comando
+Obs: o //build //do PETSc foi criado em ///opt// para facilitar o compartilhamento com demais usuários.
+===== Passos de Instalação: =====
+  * Para instalar o PETSc (Portable, Extensible, Toolkit for Scientific Computation), primeiramente faça o download da biblioteca clicando [[https://www.mcs.anl.gov/petsc/download/index.html|aqui]].
+  * Crie um diretório para o armazenamento dos arquivos da biblioteca PETSc;
+  * Copie e descompacte o arquivo baixado anteriormente para o diretório criado;
+  * Acesse a pasta pelo terminal e digite o comando:
 <code>
-sudo ./configure
+sudo ./configure --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --with-debugging=0 --with-X=1 COPTFLAGS='-O3 -march=native -mtune=native' CXXOPTFLAGS='-O3 -march=native -mtune=native' FOPTFLAGS='-O3 -march=native -mtune=native' --download-mpich --download-cmake --download-metis --download-parmetis --download-mumps --download-scalapack --download-ptscotch --with-cxx-dialect=C++11 --download-fblaslapack=1 --download-hdf5
 </code>
-- As instruções para os próximos passos aparecerão no próprio terminal à medida em que o pacote é instalado, basta copiar e colar o código que aparece ao fim de cada comando, lembrando-se de adicionar os privilégios de root por meio do comando 'sudo';
+Tais opções são utilizadas de maneira padrão. Para demais opções [[https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/installation.html|clique aqui.]]
-- Por fim, adicione o comando:
+  * O comando de //build //é fornecido ao final do //configure//, assim como o comando de //test //é fornecido ao final do comando de //build//. Copie e execute.
+  * Por fim, adicione os comandos:
 <code>
 export PETSC_DIR="caminho_diretorio"
+export PETSC_ARCH="arch-linux2-c-opt"
+export PATH="${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/bin:${PATH}"
 </code>
 substituindo caminho_diretorio pelo endereço do diretório de instalação do PETSc no arquivo .bashrc, localizado na pasta raiz.
-Para mais opções de instalação [[https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/installation.html|clique aqui.]]
+===== Configuração usada atualmente Release (sem debug)=====
+== incluído no PETSc:  METIS + PARMETIS + mumps + FGLASLAPACK + hdf5 ==
+== instalar antes do PETSc:  Valgrind e MPICH ==
-Atualmente, a opção de configuração utilizada pelo grupo de pesquisa é:
+###1.  Install Valgrind ###
-<code>
+###2.  Install MPICH ###
-./configure --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --with-debugging=0 COPTFLAGS='-O3 -march=native -mtune=native' CXXOPTFLAGS='-O3 -march=native -mtune=native' FOPTFLAGS='-O3 -march=native -mtune=native' --download-mpich --download-cmake --download-metis --download-parmetis
-</code>
+PETSc uses MPICH to deal with parallelism, so you can decide either install the MPICH and give its path to PETSc or let PETSc download it during the configuration process. The first option is recommended because the path to the *mpiexec* becomes fixed and independent of the PETSc build configuration.
+You can download the file [mpich-3.4.2.tar.gz](https://github.com/pmodels/mpich/releases/tag/v3.4.2) and follow the instructions on [github](https://github.com/pmodels/mpich):
+- Unpack the tar file and go to the top level directory:
+```bash
+tar xzf mpich-3.4.2.tar.gz
+cd mpich-3.4.2
+```
+- Configure MPICH specifying the installation directory (could be either an empty directory or an non existent directory) and device:
+```bash
+./configure --prefix=/path/to/mpi/installation/directory --with-device=ch4:ofi 2>&1 | tee c.txt
+```
+- Build MPICH:
+```bash
+make 2>&1 | tee m.txt
+```
+- Install the MPICH commands:
+```bash
+make install 2>&1 | tee mi.txt
+```
+- Add the bin subdirectory of the installation directory to your PATH by adding the following line to the file ~/.bashrc:
+```bash
+export PATH="/path/to/mpi/installation/directory/bin:$PATH"
+```
+Check that everything is in order at this point by doing:
+```bash
+which mpicc
+which mpicxx
+which mpiexec
+```
+These commands should print the path to the bin subdirectory of the MPICH installation directory.
-Obs: os pacotes "valgrind" e "mpich" devem estar instalados previamente para que a biblioteca PETSc funcione corretamente. Para instalá-las, digite os comandos:
-<code>
-sudo apt-get install valgrind
-</code>
-e
-<code>
-sudo apt-get install mpich
-</code>